1、反向色譜
反向色譜用的填料常是以硅膠為基質，表面鍵合有極性相對較弱官能團的鍵合相。反向色譜所使用的流動相極性較強，通常為水、緩沖液與甲醇、乙腈等的混合物。樣品流出色譜柱的順序是極性較強的組分最先被沖洗出，而極性較弱的組分在色譜柱上有更強的保留。常用的反向填料有C18、C8、C4等。

2、正相色譜
正相色譜用的固定相通常為硅膠（Silica）以及其它具有極性官能團，如胺基和氰基的鍵合相填料。由于硅膠表面的硅羥基或其它極性基團極性較強，因此，分離的次序是依據樣品中各組分的極性大小，即極性較弱的組份最先被沖洗出色譜柱。正相色譜使用的流動相極性相對比固定相低，如正己烷，氯仿，二氯甲烷等。

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